La historia comienza cuando Yūki recuerda que en su infancia mientras se hallaba, perdida en el invierno, fue atacada por un vampiro fuera de control, situación de la que la rescató otro vampiro,Kuran Kaname. Él la llevó con Kaien Cross, quien se convierte en su padre adoptivo y más adelante, en el director de la "Academia Privada Cross" escuela con un sistema de clases diurnas y nocturnas. Sin embargo, la academia de élite oculta un secreto: los alumnos de la Clase Nocturna son en realidad vampiros. El director y Kuran Kaname creen que es posible una convivencia pacífica de humanos y vampiros.
Zero, un chico procedente de una familia de cazadores de vampiros cuyos padres fueron asesinados por la vampireza del eterno florecer.y de ello ya han pasado cuatro años , son los únicos de la Clase Diurna que conocen el secreto y se ocupan de mantener el orden en la Academia. Zero odia a los vampiros más que a nada en el mundo por tanto esta en contra del pacifismo del director y odia bastante a "Kaname" por ser de la misma clase que esa mujer, pero a su vez también oculta un gran secreto que lo tortura día a día.
A pesar de su profundo amor hacia Kuran Kaname, Yūki no es capaz de aceptarlo completamente ya que una parte de ella siempre ha amado a Zero la persona que a vivido junto a ella estos ultimos cuatro años pero quien no desea mostrar su naturaleza verdadera por temor a dañarla. A través de la historia se van revelando los profundos lazos que Yūki tiene hacia Zero y se da a conocer que no importa lo que pase ella prefiere sacrificar su vida antes de ver morir aZero por ello acepta gustosa en ayudarlo y no teme acercarse a el aun sabiendo que Kaname se disgusta y enfurece.
